医学技术学院成立于2018年11月，下设口腔医学系、医学检验系及医学影像系三个系，有口腔医学、口腔医学技术、医学检验技术及医学影像四个专业。
口腔医学系包括口腔医学、口腔医学技术两个专业，其前身可追溯至1980年成立的口腔教研室。2006年，口腔修复工艺技术专业被省卫生厅、教育厅评定为省级示范专业；2010年，口腔修复工艺技术专业被教育部、人力资源和社会保障部、财政部批准为“国家中等职业教育改革发展示范学校”重点建设专业。2015年，设置口腔系。2018年，口腔医学技术专业被省教育厅评为甘肃省职业教育骨干专业。
医学检验系设有医学检验技术一个专业，其前身可追溯至1962年建立的医学检验教研室。2006年，医学检验技术专业被甘肃省卫生厅、教育厅评定为省级骨干专业；2013年，通过教育部国家中等职业教育改革发展示范学校建设重点建设专业验收；2014年学校升格后，医学检验技术专业被学校确定为重点建设专业；2015年设置医学检验系。
医学影像系设有医学影像一个专业，其前身可追溯至1980年成立的放射教研室。1991年，成立医学影像教研室；2006年，医学影像技术专业被省卫生厅、教育厅评定为省级示范专业；2015年设置医学影像系。
医学技术学院现有专业教师53人，其中教授2人，副教授11人，讲师14人，助教18人，实验教师8人，有甘肃省口腔医学会常委1人、甘肃省老年医学会口腔专业委员会副主任委员1人，有全国卫生职业教育检验专业研究会常务委员1人。专业教师参编部委规划教材35部；主持、参与各级各类科研课题近20项；发表论文90余篇；获得各类奖项50余次。
校内实验实训基地面积6000余平方米，设有口腔实训中心、影像实训中心及检验实训中心，有先进实验实训设备，能满足各专业的实验实训要求。
学院已为社会培养相关专业学生13000余名，现有学生2700余名。学院始终坚持“立德树人”根本任务，以《国家职业教育改革实施方案》为指导，不断深化教育教学改革，提高教学质量，为社会培养更多优秀的医学技术人才。